Los murciélagos pueden transmitir la rabia y sus desechos (guano) son fuente común de la enfermedad fungosa pulmonar istoplasmosis, teniendo una cerrada asociación con ácaros, pulgas, etc., que pueden atacar a los seres humanos.

Quijote el Hidalgo utiliza como método preferido de control la exclusión; esto implica poner un dispositivo de exclusión de murciélagos de un solo sentido en los puntos de entrada de los murciélagos. Una vez que los murciélagos salen a través del dispositivo de exclusión, la válvula o la solapa se cierran para que no puedan volver a entrar. Los murciélagos no se hacen daño cuando salen por el dispositivo. Algunos dispositivos de exclusión de murciélagos usan tuberías provistas de una válvula unidireccional. Las tuberías son lisas, por lo que los murciélagos no se pueden colgar en ellas. Una vez que los murciélagos salen, la válvula unidireccional se cierra, y los murciélagos no pueden arrastrarse de nuevo hacia su refugio.

La exclusión de murciélagos sólo se puede realizar durante ciertos meses del año. Es ilegal realizar la exclusión de murciélagos durante la temporada de maternidad de los murciélagos, que es aproximadamente de abril a finales de agosto, dependiendo de la ubicación y la especie de murciélago.